Vatnajökulsþjóðgarður er kominn á heimsminjaskrá Menningarmálastofnunar Sameinuðu þjóðanna (UNESCO). Ákvörðun þess efnis var tekin á fundi heimsminjanefndar UNESCO í Bakú í Aserbaídsjan á grundvelli þess að þjóðgarðurinn hafi að geyma einstakar náttúruminjar. Þar með er staðfest að náttúra þjóðgarðsins og friðlandsins í Lónsöræfum teljist hafa einstakt gildi fyrir mannkynið. Afar óvenjulegt er að svo stór hluti lands sé á heimsminjaskrá UNESCO